分子筛极易吸湿。在储存期间不应直接暴露在空气中，应放在干燥的地方。长期储存并具有吸湿性的分子筛应在使用前再生。
分子筛避免油和液态水。油可以阻塞分子筛的孔隙。特别是，在再生过程中，可能使油碳化并导致孔堵塞。对于含油的油，应在分子筛塔之前分离油和气，油和水。由于分子筛在吸附水分时释放热量，因此液态水直接接触分子筛并释放出大量的热量。可能发生危险或分子筛的性能可能被破坏。
当切换带压力操作的分子筛柱时，应缓慢降低塔的内部压力。例如，减压速度太快，这可能导致分子筛颗粒破碎和粉化。再生温度越高，再生越安全，但再生的能量消耗越大，分子筛的寿命越长。因此，再生温度优选在200至350℃之间。再生温度一般不超过600℃，否则沸石分子筛可能失去活性。
