沸石分子筛容易吸湿。储存时，不应直接暴露在空气中，应放置在干燥的地方。长期存放并吸收水分的沸石分子筛在使用前应再生。
沸石分子筛避免油和液体水。油会堵塞分子筛的孔隙。特别是在再生过程中，有可能使油碳化并导致孔隙堵塞。对于含油天然气，应在分子筛塔之前分离出油气，油和水。由于沸石分子筛在水分吸附过程中释放的热量，当液态水直接与沸石分子筛接触时释放出大量的热量。危险可能发生，或分子筛的性能可能受到影响。
当在再生开关期间带有压力的沸石分子筛塔工作时，塔的内部压力应缓慢降低。如果减压速度太快，沸石分子筛颗粒可能会破碎并粉碎。再生温度越高，再生越安全，但同时再生的能量消耗越大，结果可以缩短分子筛的寿命。因此，再生温度适合在200-350°C之间。再生温度通常不应超过600°C，否则沸石分子筛可能会失去活性。
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